W 1428 roku kościół i klasztor zostały spalone przez husytów. Wtedy też miała miejsce męczeńska śmierć trzech dominikanów, których kości znajdują się w kościele. W 1445 roku król czeski Władysław rozpoczął odbudowę klasztoru, nieco wcześniej odbudowano kościół. Okres ten był dla ząbkowickich dominikanów szczególnie pomyślny, ponieważ w 1455 roku szczególną pieczę nad klasztorem objął sam król czeski i węgierski Władysław. W 1515 roku nastąpiła gruntowna przebudowa klasztoru.
W 1536 roku umiera książę Karol. Jego czterej synowie przechodzą na protestantyzm. Skutkiem tego było zamknięcie klasztoru w 1541 roku. W tym czasie w klasztorze zamieszkiwało jeszcze dwóch ojców dominikanów (w 1534 roku było ich ośmiu). Rada miejska zamieniła klasztorną piekarnię na stajnie, a cele na izby czeladne. Kościół został zamknięty. Magistrat nakazał uprzątnięcie świątyni i przystosowanie jej do odprawiania nabożeństw ewangelickich. Pierwsze nabożeństwo ewangelickie odprawił w kościele diakon Marcin Hennig dnia 28 października 1546 roku. W 1586 roku do kościoła zakupiono organy.
W 1626 roku po zwycięstwie w wojnie 30 – letniej cesarz Ferdynand II zażądał zwrócenia katolikom wszystkich zabranych im przez protestantów dóbr i majątków. W 1629 roku jezuita Hölzel – nowy katolicki proboszcz, przejął klasztor i obsadził go na nowo trzema dominikanami. Trzy lata później w klasztorze wybuchł groźny pożar, który zniszczył zabudowania. W 1639 roku klasztor zostaje częściowo odbudowany, jednak prawdziwa odbudowa zniszczonych ogniem budynków rozpoczęła się dopiero w 1655 roku za czasów przeora ojca Remigiusza.
Prace wykonane podczas przebudowy kościoła i klasztoru w latach 1655-87 okazały się nietrwałe, ponieważ rok po zakończeniu prac, dokładnie zaś 16 sierpnia 1688 roku zawaliła się przednia część kościoła. Kolejna przebudowa po zawaleniu ściany znów ciągnęła się bardzo długo, rozpoczęła się rok po katastrofie i trwała aż do 1701 roku. Nowa wieża została wybudowana dopiero w 1714 roku. W 1724 roku kościół otrzymał dwa nowe dzwony.
Trzęsienie ziemi które wystąpiło o północy 27 stycznia 1737 roku uszkodziło wieżę i sklepienie kościoła, na skutek czego niedawno wybudowaną wieżę trzeba było rozebrać. Odbudowano ją rok później. Nowy ołtarz główny stanął w kościele w 1743 roku. Niestety 35 lat później, dokładnie zaś 30 lipca 1778 roku, ołtarz został w znacznym stopniu uszkodzony na skutek uderzenia pioruna.
